La historia sigue a dos personajes principales: un alquimista anónimo que busca la piedra filosofal, y un narrador que relata sus intentos y reflexiones. A lo largo de la novela, el alquimista experimenta con diferentes sustancias y procesos, enfrentándose a fracasos y logros que lo llevan a cuestionar la naturaleza de la realidad y el papel del ser humano en el universo.